avconv -i in.mov -vf "transpose=1" out.mov

(avconv est un fork de ffmpeg, il est possible d’utiliser la même commande avec ffmpeg)

Pour la valeur de transpose :

0 = 90° trigonométrique + symétrie verticale
1 = 90° horaire
2 = 90° trigonométrique
3 = 90° horaire + symétrie verticale